في إطار تنظيم التعيين بالوظائف القيادية بالوزارة حرص معالي أ.د. محمد مختار جمعة على وضع إجراءات صارمة تضمن اختيار أفضل العناصر وأكثرها كفاءةً في إطار اللوائح والقوانين المنظمة، ومن ضمنها ألا تتخذ إجراءات تعيين أو تجديد لأي قيادة بالوزارة إلا بعد استطلاع رأي هيئة الرقابة الإدارية ، وتكليف الأمانة الفنية للجنة الدائمة للوظائف القيادية بتقديم بيان للسيد أمين اللجنة بمواعيد تجديد تعيين جميع السادة شاغلي الوظائف القيادية قبل انتهاء مدة التعيين بثلاثة أشهر على الأقل حتى يمكن البدء في اتخاذ إجراءات التجديد، وكذلك على شاغل الوظيفة القيادية ( مدير عام – العالية – الممتازة ) الراغب في تجديد تعيينه التقدم بطلب لتجديد تعيينه باسم السيد رئيس قطاع المديريات مرفقًا به بيان بما قام بانجازه خلال مدة تعينه، ويعتبر عدم تقدمه بهذا الطلب في الموعد المحدد دليلًا على رغبته في عدم التجديد.
كما شكل معالي الوزير لجنة للتوعية بمخاطر الفساد المالي والإداري وترشح اثنين من أكفأ الموظفين للتنسيق والتواصل الدائم مع الرقابة الإدارية لمنع أي فساد قبل وقوعه واتخاذ اللازم تجاه أي قضايا فساد قد تحدث .