نفى فضيلة الشيخ / سيد عبود نفيًا قاطعًا ما ورد على لسانه من سيطرة السلفيين والإخوان على المساجد , وأكد أنه هذا لب عمله واختصاصه , وهل يمكن أن يناقض نفسه ويدينها وهو المسئول الأول عن متابعة عمل المساجد .
وأكد أن وزارة الأوقاف تسيطر على مساجد الجمهورية ، وأن ما ورد على لسانه في صحيفة التحرير بهذا الشأن لا أساس له من الصحة .